Dans un futur proche, un phénomène inexpliqué qui s'est produit 22 ans avant le début de l'histoire, donna naissance à une nouvelle espèce d'humains. Ce phénomène donna naissance aux" terres perdues" où 1% de la population est née avec la capacité "d'Alter". En effet, ces humains ont le pouvoir de manipuler la matière. Ainsi, ils peuvent créer des choses qu'ils intègrent à eux même. Le héro, Kazuma, a la capacité de se créer un bras bionique surpuissant. Avec une telle capacité, on lui confie diverses missions, mais le groupe HOLY, veut faire face à ces personnes car d'aprés eux, elles représentent un danger à cause de leurs pouvoirs surpuissants. Le groupe HOLY est composé de personnes qui utilisent aussi l'Alter.